O prazo geral para guardar documentos comprovativos dos elementos da declaração modelo 3 é de 4 anos. Incluem-se nesse prazo os documentos que titulem os rendimentos auferidos pelo contribuinte, bem como as despesas incorridas que suportam as deduções à coleta do IRS.
Os titulares de rendimentos da categoria B (rendimentos empresariais e profissionais), têm a obrigação de conservar os documentos que titulam as operações incorridas na actividade desenvolvida por um prazo mais alargado. Mas com o novo sistema, desde 1 de janeiro de 2015, em que as deduções à coleta do IRS são apuradas após comunicação dos fornecedores dos bens ou serviços para o e-fatura permite que o contribuinte não tenha de guardar esses documentos pelo prazo de 4 anos.
Se o contribuinte verificar que as faturas que suportam deduções à coleta já constam da sua página do e-fatura, poderá desfazer-se das faturas em papel.